有关资料统计表明：在我国投入运行的环境污染防治设施中，大约有1/3能正常运行，有1/3不能正常运行，有1/3根本不能运行。主要原因为：技术方面：这些污染防治设施采用的工艺不合理、产品质量低劣或工程质量差；非技术方面:环保设施运营模式不合理。从某种意义上说，非技术原因是现阶段导致污染防治设施不能正常运行的主要原因。
面对环保设施运营管理存在的问题，必须进行积极的探索和全面的改革，建立新的污染防治设施运营管理的模式，把环保设施运营推向社会化、专业化、市场化。但是，目前我国环保设施运营完全走向市场化还有一定难度。一是计划经济的机制还在起作用，适应市场经济的政策体系和调控机制还没有完全形成。二是环境保护的市场体系还不完善，特别是环保服务市场体系和资本市场体系尚未全面形成。市场运作方面缺乏公平竞争机制和规范运行的条件。三是人们的环境意识还不够，公众整体环境意识不高，缺乏保护环境的自觉性和紧迫性。四是东西部地区由于经济发展不同，环保设施运营存在很大差距，如：我省一些排污单位环保意识差，无环保设施运营社会化和专业化的概念，排污单位的环保设施基本上均由本单位人员运行，未经过专门培训，致使环保设施难以正常运行。一些市政环保设施费用严重不足，不能保证连续运行。政府执法力度不够，使许多排污单位缺乏对环保设施的有效管理。
因此，国家应首先制定有效的环保设施运营资质管理办法，必须取得运营资质，或委托有运营资质的单位运营，以保证污染治理设施的正常运行；其次，新污染源的治理应提倡BOT方式，环保公司要将设计、施工、运营一包到底，避免设计、施工、运营三方脱节，互相推诿。第三、应建立环保设施建设方案招标管理办法，有利于防止产生腐败。第四、对具有环保设施运营资质的单位应给予一定的优惠政策和相应的资金补助，加强环保执法力度，从而达到最佳的治理效果。第五、委托业主和运营单位必须签订运营合同，依照合同要求各自承担相应的法律责任。第六、各省环保局应组织力量对要取得环保设施运营资质的企、事业单位上岗人员进行培训，培训合格方可上岗。第七、各省环保局应加强对已获得环保设施运营资质企、事业单位的监督管理，对环保设施进行定期检查，一旦发现不良问题，立即上报国家环境保护总局对该单位进行处罚，直至吊销其环保设施运营资质证书。第八、环保设施运营单位定期向省环保局报告排污单位环保设施运行情况、各类污染物处理总量、排污达标率、运行成本等指标，从而达到对排污单位的监督管理。
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